Dopo un apprendistato di scultore a Merano, frequentò l'Accademia di Monaco, dove fu allievo di Max Widnmann. Dopo un lungo viaggio in Italia, si stabilì prima a Monaco e infine a Vienna. Tra i numerosi monumenti realizzati da Natter si distingue una statua di Ulrich Zwingli collocata presso la Wasserkirche a Zurigo (1881-85), che l'artista stesso considerava il suo capolavoro. Nell'opera, improntata alla solida monumentalità caratteristica di Natter, si avvertono però pure echi delle sue inclinazioni simboliste. Fu cavaliere dell'ordine di Francesco Giuseppe.
Le sue opere più conosciute sono:
1887 - Monumento a Joseph Haidm a Vienna; e le sculture del Burgtheater di Vienna.
Il monumento ad Andreas Hofer sul Bergisel, presso Innsbruck.
Il monumento ad Ulrico Zwingli nella Wasserkirche di Zurigo.
1889 - La statua di Wanther von der Vogelweide a Bolzano.
La statua dell'ultimo langravio d'Assia, Federico Guglielmo I, nel castello di Horovice.